Selv om de aller fleste bakterier som ankommer tykktarmen via tynntarmen er døde, vil likevel noen få overleve tarmpassasjen. Sammen med bakterier som ankommer tykktarmen via endetarmen, danner disse bakteriene et miljø i tykktarmen, din egen bakterietarmflora.
I tykktarmen kan vi finne flere hundre arter bakterier. Disse koloniserer seg i tarmen og jobber med tarminnholdet, slik bakterier ofte trives med for å opprettholde eget liv. Under nedbryting av diverse karbohydrater og proteiner lager også disse biprodukter de selv ikke trenger – slik du gjør. Eksempler på slike bakterielle avfallstoffer i tarmen, er ulike gasser som for eksempel karbondioksid (CO2), metan og for ikke å glemme dimetylsulfid. (Sistnevnte er av den type gass du kan merke blir frigitt – ved nabobordet.) Bakteriene i tykktarmen produserer om lag 500 ml gass per døgn, enda mer om du har et kosthold særlig rikt på karbohydrater.
Bakteriene lager det aller meste av det vitamin K leveren din trenger for å lage koagulasjonsproteiner (se blodet).