Med fordøyelseskanalen mener vi her hele kanalen som maten transporteres gjennom – fra munn til anus. Figur 2 viser en generell struktur av fordøyelseskanalens histologi. Det er i prinsippet slik hele fordøyelseskanalen er oppbygd, selv om det fins lokale variasjoner. Fordøyelseskanalen består av fire lag. Fra fordøyelseskanalens hulrom (lumen) og utover, finner vi:
- mukosa
- submukosa
- muskellag (muscularis externa)
- serosa
Mukosa er sammensatt av tre lag. Innerst mot fordøyelseskanalens lumen finner vi et epitellag. Dette sekrerer slim (mukus). I tarmen finner vi i dette epitellaget også noen nedbrytingsenzymer og hormoner med lokale virkninger. Videre er det gjennom dette epitellaget i tarmen at absorpsjonen av næringsstoffer (karbohydrater, aminosyrer, fett, ioner, vitaminer etc.) foregår. I tillegg beskytter dette epitellaget fordøyelses- kanalen. Utenfor epitellaget finner vi et bindevevslag (lamina propria) og utenfor dette laget igjen et tynt lag med glatte muskelceller (muscularis mucosae) som gir lokal bevegelse i fordøyelseskanalen.
Submukosa er et tykkere bindevevslag. Her finner vi blant annet blodårer, lymfeårer og nerveinnervering av fordøyelseskanalen.
Utenfor submukosa ligger muscularis externa som utgjør flere lag med glatte muskelceller (fig. 2). Oftest finner vi to lag glatte muskelceller her; ett sett sirkulært glatt muskelcellelag (innerst mot lumen) og ett sett langsgående glatt muskelcellelag. I magesekken har vi i tillegg et tredje lag glatte muskelceller som ligger under disse to, et skråstilt muskellag. Disse glatte muskellagene gjør fordøyelseskanalen i stand til å skvise, dele opp, blande og forflytte innholdet i fordøyelses kanalen.
Ytterst i fordøyelseskanalen finner vi et tynt lag bestående av bindevev (innerst) og epitel ytterst, serosa. Dette laget utgjør mesenteriet, den hinnen som fordøyelseskanalen henger i og som fester den til bukhulen.

Fig.2 Fordøyelseskanalens histologi
Peristaltikk og segmentering
Som allerede beskrevet inneholder fordøyelseskanalen minimum to lag glatte muskler, et indre sirkulært lag, og et ytre, langsgående (muscularis externa). Disse gir bevegelse i fordøyelseskanalen og blander innholdet og forflytter det fremover i retning endetarmen. Dette utføres ved to typer muskelkontraksjoner:
- peristaltikk
- segmentering (fig. 3)
Peristaltikk er lokale muskelkontraksjoner i både det sirkulære og i det langsgående glatte muskelcellelaget, som forflytter seg jevnt langs fordøyelseskanalen. Dette forflytter fordøyelseskanalens innhold i lengderetningen mot endetarmen (fig. 3).
Segmentering er lokale, kortvarige kontraksjoner i ulike segmenter (deler) av fordøyelseskanalen. Dette fører til at tarminnholdet blandes og flyttes frem og tilbake, slik at det eltes, blandes med førdøyelsesvæskene (det flytende tarminnholdet kalles kyme). Kymen kommer så i kontakt med epitelceller i tarmveggen for absorbsjon av næringsstoffer.
Samlet sett vil altså peristaltiske og segmenterende kontraksjoner blande og forflytte innholdet i fordøyelseskanalen.
Fig.3 Segmentering og peristaltikk