Nedbrytingen av fett (fig. 22) starter i magesekken (men i mindre betydelig grad), der lingual lipase aktiveres av den lave pH-verdien. Hovedsakelig starter nedbrytingen av fett i tynntarmen ved hjelp av pankreas lipase og gallesalter som «pulveriserer» store fettdråper til mindre fettpartikler, miceller (fig. 23). Dette skjer ved hjelp av en prosess som kalles emulgering. Micellene og små fettsyrer diffunderer lett gjennom den fettløselige cellemembranen i tynntarmens epitelceller. Inni cellene blir frie fettsyrer omgjort til triglyserider og pakkes inn av proteiner til vannløselige lipoproteiner som vi kaller kylomikroner. Disse overføres til tarmens lymfe, og følger lymfeårene til blodet. Enkelte fettsyrer er i stand til å vandre fra tarmens epitelceller til omliggende kapillærer og følge vena porta hepatica, som monosakkarider og aminosyrer, til leveren.
Micellene som passerer cellemembranen vil, i tillegg til fettsyrer, også inneholde kolesterol og fettløselige vitaminer i sin kjerne. Disse molekylene tas dermed opp sammen med fettet. Av dette forstår vi at å hemme fettopptak i tarmen, for eksempel gjennom spesielle kurer, også vil hemme opptak av vitaminer. Vitaminene som tas opp på denne måten er A, D og E.
Fig.22 Kjemisk nedbryting av fett
Fig.23 Emulgering av fett