Nedbrytingen av proteiner (fig. 21) til store polypeptider starter i magesekken av pepsin som er produsert av pepsinogen i det sure miljøet i magesekken. Den videre nedbrytingen av polypetidene skjer i duodenum av pancreas-enzymet protease (inkludert trypsin og kymotrypsin). Disse enzymene medvirker til å klippe store polypeptider opp til små peptider.
Den videre nedbrytingen fra peptider til dipeptider og enkle aminosyrer skjer ved hjelp av enzymer i epitelets cellemembran, det vi kaller «brush border»-enzymer.
På samme måte som monosakkarider, blir aminosyrer absorbert av tynntarmens epitelceller ved hjelp av ko-transport sammen med natrium, og aminosyrene ender opp i tarmens venøse blod og fraktes direkte til leveren.
Fig.21 Nedbryting av proteiner